Acústica en R

(00:00) y ya la mayoría están asignados ya cuando sea la fase de trabajo en grupo automáticamente los estaremos asignando pero en general el enlace a esta sala en la que estamos presentes todos y todas es el único lugar al que se debería acceder en principio Pero bueno hay bastante unas cuantas personas a las que les ha pasado Bueno a ver si ve si conseguís ver alguna forma de solucionarlo en todo caso veo que sois capaces de volver así que bueno que
(00:32) intentaremos estaremos viendo ese tema y igual manera les comentaremos vamos llevamos ya un retrasillo vamos a proceder ya a seguir con con Héctor continuamos en r Así que no tenéis que salir de la misma plataforma en la que ya estáis simplemente cambiar de archivo ahora Héctor nos indica vamos por tanto a la charla de paquete cobra en r adelante Héctor cuando quieras Gracias a todos y a todas Este voy a compartir mi pantalla nada más me confirman Si la ven por
(01:07) favor se ve lo único no si quieres decir Exacto donde está dentro de tu Ah bueno lo vas a compartir para que vengan exactamente cómo llegar al archivo bueno recordarán que aquí en la en la página web del de los en primeros pasos está el enlace al Júpiter hope que deben de estar ya ahí No si estuvieron siguiendo el video anterior ahorita cargaron recargaron la parte de r Así que no deben tener ya en su en la paquete en la carpeta de tutoriales okay
(01:41) nada más me tardo un poquito en entrar no este solo quería comentar eso que ahorita A diferencia de ayer estuvo tardando algo bien si ustedes se fijan acá en el r Studio en la parte de tutoriales bueno la pestañita de files archivos van a encontrar los los días sí puedes agrandar un poquito para que se vea mejor ahí voy a quitar el outline por ahí se ve bien qué tal Nicolás lo veis bien por ahí voy a suponer que sí si no me me dicen y lo vuelvo a subir y no dicen nada más continuamos OK dos pestaña de archivos
(02:30) busquen por ahí donde dice tutoriales y pues entran en el del martes van a ver una carpeta que dice el paquete r y como el día de ayer van a tener un archivo con extensión qmd ese es el que van a abrir es el que yo tengo abierto en este momento al final voy a tratar de no olvidarme de decirles algo acerca de este de este formato Pero bueno pues vamos igual a proceder como el día de ayer recuerden en los bloquecitos de código vamos a ir presionando el el
(03:03) triangulito verde para ir ejecutando el código entonces la charla de hoy es un poquito platicarles acerca de Pues de lo análisis de programas no programas digitales en r que no es otra cosa más que la representación visual de una matriz numérica que se genera por instrumentos científicos eco Sonda solares etcétera que emiten pulsos de sonido de alta frecuencia y que estos pulsos de sonido generan un eco de regreso cuando encuentran el fondo Marino organismos
(03:37) etcétera no y el análisis de este tipo de información pues forma la base de Las evaluaciones de biomasa en acústica pesquera Existen varios formatos de datos no no voy a entrar al detalle simplemente que sepan que cada fabricante de equipo tiene su propio formato Hay uno muy conocido de los principales digamos de los líderes del mercado de cosondas científicas que se conoce como el formato raw o Row como le
(04:08) quieran decir y que bueno ha cambiado un poco no dependiendo de la de la generación de ecosondas que hay Pero en esos archivos de datos crudos está guardado absolutamente todo todo toda la información configuración del equipo etcétera y hay otros formatos en particular uno que trató de volverse como que el estándar internacional para compartir datos acústicos que que hizo el el consejo internacional para la exploración del mar nada más que este formato no como que no tuvo mucho en la
(04:41) práctica No tiene mucho uso este y además solamente guarda una parte de de la información No ya hace ciertas conversiones aplica así el ciertos algoritmos Y entonces si nosotros queremos hacer cambio en en las transformaciones o los algoritmos tendríamos que regresar al archivo de datos crudos entonces bueno el paquete inicialmente Pues enfocó en tratar de importar este formato Digamos como un subconjunto de los datos originales No aquí pues no Me detengo ya saben ustedes
(05:17) tienen el material lo pueden leer con calma más adelante simplemente es la explicación de cómo generar los archivos para poderlos importar en el paquete ahí una captura del del menú del programa con el que se hace la adquisición de datos y las opciones que se deben usar para poderlos generar Y lograr importar sin mayor problema pero bueno entonces ya una vez que los tenemos vamos a hacer algunos algunas cosas ahorita para esta parte hay unos datos
(05:51) que ya están demuestran el paquete entonces este código de aquí les debe correr sin ningún problema no presionamos por aquí y podemos ver que estamos extrayendo la información de posición geográfica guardada en nuestro archivo act no en particular tenemos la hora del GPS porque bueno la la ecozonde está conectada a un GPS y recibe cada cierto tiempo pues una una señal no que viene no solo con la posición sino también con con la hora y la fecha
(06:23) evidentemente el tiempo es el utc el tiempo universal coordinado y normalmente es práctica común en acústica que nosotros configuremos independientemente de la zona del mundo donde estemos trabajando que configuremos el reloj de la computadora en tiempo utc también a veces no pasa entonces Bueno aquí habría una diferencia en en las dos primeras columnas no Y eso pues se puede se puede después arreglar otra parte que podemos extraer
(06:54) de de estos archivos AC es lo que se guarda como el fondo Marino que es que es detectado por el equipo no si se tiene cuidado en el momento de la adquisición de datos pues queda bien dónde está la la profundidad no Entonces con otra función podemos nosotros a partir del mismo archivo estamos hablando del exactamente del mismo archivo podemos leer el fondo aquí lo tenemos también está digamos indexado con la hora de la de la
(07:27) emisión del pulso o pin como le quieran ustedes decir y tenemos el el fondo No aquí evidentemente los dos primeros pings hay un error porque pues no puede estar esa profundidad verdad es está en metros Entonces ese es un error que bueno se puede eventualmente corregir no como en este caso que estamos tratando ahorita los datos se adquirieron en frecuencias diferentes podemos nosotros a la hora de importar los datos elegir el canal no quiero la frecuencia uno la frecuencia dos etcétera todas las que tengo y viene
(08:01) por acá además hacer un gráfico y limitar la profundidad aquí no lo no lo voy a hacer Bueno vamos a hacerlo no no pasa nada el gráfico no me ayuda mucho por esos dos puntitos que tengo erróneos en en particular en este archivo No pero si no yo hubiera visto un perfil pues más o menos decente del del fondo no entonces por eso que aquí en esta parte de las llaves dice eval igual a Falls No porque no quería que eso se o no quiero que ese se evalúe cuando este documento se
(08:35) procesa que es lo que les voy a decir al final pero bueno para eso sirve y ahora sí si ya Quiero leer los datos en sí los datos acústicos que me generan el ecograma voy a usar una función más que en realidad esta función hace uso de las anteriores para tratar de de dejarme en un solo objeto de r todo lo que yo necesito para graficar este ecograma en particular me va a producir una lista con Estructura de datos y se acuerdan de del aula invertida y explicamos lo que era una lista que va a tener primero un
(09:08) vector con la profundidad de cada una de las muestras porque un pulso de sonido cuando viaja en la columna de agua me va es como si fuera tomando muestras de la energía acústica en cada una de estos pedacitos digamos del pulso que podrían dar a más o menos ahí en los diez centímetros depende de muchas cosas pero bueno ahorita para simplificar digamos que son diez centímetros Entonces eso es lo que está guardado el Depp no la profundidad de cada muestra y luego va a haber una matriz con los valores de
(09:37) energía acústica así lo voy a llamar energía acústica muestreados verdad en este caso en normalmente trabajamos con lo que se conoce como fuerza de retrodispersión por volumen es una medida de la energía en decibeles no Y esta matriz bueno va a tener asociado como atributo en qué frecuencia se se colectó esa información el primer vector al que dice referencia tiene la longitud de este vector corresponde con el número de filas que
(10:11) va a tener esta matriz y después voy a tener un un Data frame un una tabla que se llama pinks y este va a tener la información de cada uno de los pulsos de sonido emitido Entonces el número de renglones o filas de este Data frame se va a corresponder con el número de columnas que va a tener la matriz anterior verdad Entonces ya tengo la profundidad por un lado y el número de pinks por el otro que es con lo que voy entonces a hacer mi gráfico ahorita vamos a ver un poquito más qué es lo que
(10:46) contiene cada esta parte no entonces con mi función ecogram de nuevo yo puedo elegir el canal que quiero importar en este caso vamos a importar uno y para ver lo que tiene adentro corremos la siguiente línea y me dice la estructura de lo que acabas de importar es una lista que tiene tres cosas la profundidad ya dije que era SB que va a ser mi matriz de energía acústica que ya si se fijan el número de renglones corresponde a la longitud del vector profundidad y el número de
(11:22) columnas se corresponde al número de observaciones o renglones que tiene el Data frame pinks no que va a tener el tiempo de cada emisión de de sonido va a tener el fondo detectado la velocidad del barco o la lo que sea en lo que se hizo la colecta de datos y una distancia acumulada no es lo que me va a servir para para graficar todavía no voy a pasar al graficador ahorita lo vamos a dar un poquito más adelante y bueno vamos a a ver un poquito más
(11:54) claro cómo sería la tabla esta de pinks no ahí ahí lo tienen ya ya lo comenté qué es lo que tiene adentro y eso pues ya lo tenemos dentro de junto con nuestros dos puntos que evidentemente dijimos que estaban erróneos no Eso es en cuanto a los archivos Raúl los más sencillos digamos no esto pues eh digamos que se construyó alrededor de un paquete que alguien más hizo para leer archivos sac no mis funciones son la
(12:23) mente son un lo que se conoce como un grapper o sea aprovechan lo que ya está escrito y lo simplifican digamos su uso y me devuelven una estructura Pues que yo puedo explotar dentro de r no y en el caso de los archivos de datos crudos aquí empiezo al revés porque Bueno aunque este es el original es un poquito más complicado de ver en este tipo de datos si ustedes ven en el lado de files se van al al folder Data van a ver que hay tres archivos no
(12:58) Bueno ahí hay cuatro en realidad Pero los que me interesa mencionar ahorita son los tres que tienen el mismo nombre solamente cambia la extensión y eso es porque el ecozonan tus graba diferentes cosas en cada uno de ellos no el primero el idx tiene una función especial para leerlo nos vamos a a leer ese primero y vemos que nos va a dar información similar a la que teníamos hace rato en el lag no pero esto lo está leyendo
(13:24) directamente del archivo idx que está ahí en la carpeta Data con de nuevo pues la la hora del pulso el número de pulso la distancia del barco navegada la actitud longitud y ese que se llama offset que pues ahorita no nos interesa de qué se trata eso no en el caso del archivo Bots no el el otro que está por ahí también tiene una función dedicada que puede importar el fondo detectado también para cada Pin y cada
(13:53) una de las frecuencias de datos que están este guardadas en este archivo No eso Bueno pues ahí podemos digamos acceder de manera muy rápida este tipo de datos en el caso ya de de los datos de energía acústica lo vamos a hacer con una función que por el momento solamente puede leer este tipo este formato digamos que se quedó hasta la generación de ecosondas científicas ek 60 la nueva generación que es la k80 cambia el formato y no podemos ya utilizarlo para importar esos nuevos
(14:30) archivos no entonces Bueno aquí vamos a ver el proceso de leer el archivo va a tardar un poquito más lo que me importa de información es absolutamente todo lo que está en el archivo en el archivo de datos crudos no Entonces yo puedo este digamos que aplicar factores de los cuales depende la velocidad del sonido por ejemplo que es la temperatura la salinidad eso afecta la velocidad del sonido y yo puedo aquí modificarlo para
(15:05) tener el archivo que voy a graficar la siguiente función es la que me lo está convirtiendo ese esa estructura que si me da tiempo la platico al final la va a convertir al formato que ya les mostré hace un momento al que tenía por un lado la profundidad de las muestras la matriz de datos y después la información de los pins eso se logra aquí en esta parte no como decía como tengo yo toda la información de los datos crudos
(15:34) si me fijo en los argumentos de la función ek tu ecogram puedo ver que me permite elegir la frecuencia Qué tipo de datos quiero generar porque yo puedo generar el que ya mencioné antes que se llama SB o puedo generar lo que se conoce como fuerza de blanco o Target ahorita vamos a ver las las ecuaciones y también podría pasarle los valores y que dependen de las condiciones del medio es decir velocidades del sonido y algo que se conoce como coeficiente de absorción
(16:08) y algunos parámetros de calibración de estos instrumentos al ser científicos se calibran leyendo La la energía Acústica de una esferita de de propiedades conocidas y se tiene por ahí unos valores que más adelante van a van a salir y eso Entonces me permite que la conversión sea pues más adecuada no en el archivo act Por ejemplo si todo eso no se cuidó en el momento de transformar ya no puedo cambiarlo ya no hay manera
(16:35) de que lo de que lo arregle no Y bueno pues aquí simplemente vamos a ver alguna de la información que tiene yo en el archivo o más bien el objeto de datos crudos en las diferentes partes que Lo componen puedo ver Cuántas frecuencias hay en mis datos puedo también este digamos que en lugar de llamarlo solamente como lo hice antes sin ningún argumento adicional más que la el objeto de datos crudos le puedo indicar Bueno
(17:09) ahora me interesa la frecuencia dos no Y para fijarme que lo hizo bien pues con este esta línea que dice atributos me está diciendo no pues que efectivamente importé la segunda frecuencia guardada en estos datos esta conversión de la que yo hablaba aquí en en en la función eka tu ecograph donde dice Data SB lo que hace es un cálculo Que bueno espero que no se intimiden es una ecuación en la que bueno va va a
(17:41) entrar en juego muchas cosas como lo que ya mencioné hace un poco el alfa que es creciente de absorción r que es la profundidad de la muestra esa profundidad de la muestra depende de la velocidad del sonido la velocidad del sonido depende de la temperatura y la salinidad Alfa también depende de esos dos valores y otros que tienen que ver con la calibración del equipo como la ganancia este cosas que tiene que ver con la longitud del pulso perdón con la
(18:09) frecuencia que es la longitud de onda Tao que es la longitud del pulso en fin Son detalles un poco técnicos pero todo eso digamos es lo que entra en el en la conversión de los valores de potencia que están guardados o se llama recibe Power lo que está guardado en el archivo raw y cómo se convierte en en SB y al hacer el cambio y decirle Ahora quiero los datos de ts aplica una conversión diferente usa valores similares a los que la ecuación es casi la misma le faltan solamente el los
(18:47) últimos dos términos y aquí en lugar de ser veinte log r es 40 r ya vieron Qué bonita están las ecuaciones Por cierto si yo le pico aquí me muestra cómo fue que le escribí y ya cuando me salgo pues ya me la pone en un formato bien Eso es gracias al al remarcado y bueno entonces este vamos a ver cómo sería aquí la la conversión en ts Pues ahora ya me dice no que tengo en en esta conversión el tipo de variable que me generó fue los valores de ts
(19:21) entonces gracias a todo eso que acabo de comentar yo puedo si tengo y conozco de Pues que de acuerdo con las condiciones de temperatura y salinidad de del área de trabajo la velocidad del sonido no es la que se guardó en los archivos porque eso no lo cambié al momento de la adquisición pero tengo mejores valores los puedo poner y los indico no le digo pues mi ambiente me dio esta velocidad de sonido este coeficiente de absorción que está asociado a la frecuencia y como
(19:52) calibración pues la ganancia no es la que dice El fabricante porque al calibrar la ecosonda vimos que era un poquito diferente y hay otro otro parámetro por ahí se tiene que arreglar que se conoce como la corrección del sa Entonces yo cuando hago esto voy a tener un cambio en los datos no los estoy digamos que convirtiendo con los parámetros tal cual deben ser bien Eso es un poco en cuanto a la parte técnica
(20:17) de cómo cómo hacer las conversiones de los datos Cómo hacer la lectura la importación en r y vamos a ver ahora un poquito de la visualización que pues ya adelante algo Ayer no en en el tutorial de visualización aquí la función que yo usé para ayer para para estas figuras se llama ecogram como decía también le pude ver ya nombrado nombrado ecogram y registrar un método específico para la clase porque ahorita si yo le pregunto aquí a limpiar Class eco uno me dice ese ese
(20:54) objeto es de clase ecogram Entonces yo puedo registrar una función la podrías renombrar Y entonces bastaría con hacer por ejemplo plots eco uno y estaría listo en este momento me daría un error porque pues no no está registrada por lo que tengo que llamarla como con el nombre completo verdad Bueno eso solamente es para que sepan entonces esa función ecogram tiene muchos argumentos que me permiten personalizar la figura No me voy a ir al detalle todo eso lo pueden ver ustedes en la ayuda de la
(21:27) función de ahí explica cada argumento y ahorita vamos a hacerlo con algunos cuantos no algunos vamos a ejemplificar cómo se usan en particular ahorita como decía yo antes en en los datos están guardados la hora en en para la zona de tiempo utc o gmt como le quieran llamar y yo lo que voy a hacer es que con un paquete que también usó de nissa en su video hace un momento voy a pasarlos ahora a local no yo sé
(21:59) que mi zona de trabajo para este archivo pues es saca en México no en en esta zona de tiempo voy a guardar además el fondo detectado que importamos hace un rato de de los archivos Bots en las dos frecuencias que ya tengo importadas porque este lo voy a usar más adelante y después voy a aplicar una máscara porque pues no quiero ver digamos que todo el la señal que hay después de veinte metros por debajo del fondo no entonces lo que voy a hacer aquí con esta con esta función aplicando toda esta parte
(22:35) por hay un mensajito ahí del paquete está en rojo Pero no se preocupe no es un problema ya hizo la la adecuación y ahora voy a mostrar cómo sería el ecograma por defecto y uno y un poquito personalizado No ya que los veamos vamos a platicar la personalización por ejemplo este es el ecograma por defecto a ver si se alcanza a ver acá y se fijan estas se obtuvo solamente diciéndole el objeto ecogram que me interesaba a mí graficar no Entonces por
(23:16) defecto ya tiene las etiquetas como pues Considero que deben ir no profundidad en metros el número de pulso de sonido la frecuencia como título principal por acá vienen las unidades del SB y una escala y una paleta de colores por por defecto no pero yo puedo cambiar todo eso no si Vamos a ponernos así en la siguiente línea por ejemplo le estoy diciendo que me limite el umbral de SB A menos sesenta y cinco acá se quedan menos setenta yo le pongo menos sesenta y cinco recuerden eso está en decibeles y
(23:52) entre más altos ese valor voy a ver Ecos más fuertes no y quiero que el máximo no vaya hasta cero se quede en menos quince que la separación entre colores o sea entre decibel sea de uno punto cinco Perdón la separación entre colores sea de uno punto cinco decibeles que cambien la paleta de colores ahora a una que le llamamos seca 500 que la referencia en x sea en segundos o en tiempo más bien y que la profundidad desplegada máxima sea
(24:24) de 265 Y que además me muestra el fondo detectado no Entonces eso me produce esta figura No yo puedo seguirla cambiando no Por ejemplo si para que vean el efecto que esto tiene si le cambio aquí a menos 60 vuelvo a presionar pues se limpia un poquito más la imagen verdad porque estoy subiendo el umbral de visualización de de la energía que me interesa no Entonces más o menos Así es como se utiliza de tengo un momentito porque hay un comentario de Eugenia que
(24:56) sí que pasa a veces con r estudio que da un error de márgenes de la figura muy grandes que eso bueno puedes comentar Sí claro miren ahorita si están haciéndolo como yo presionando el triangulito verde lo único que tiene que hacer es hacer más grande esta ventana donde está el Script para que para que quepa no porque ese ese mensaje lo da típicamente Cuando hacemos gráficas en esta y Este pedacito es muy chiquito no ahorita no porque lo estamos haciendo aquí directamente en línea digamos dentro del
(25:31) documento entonces con que hagan grande esta ventana del Script la que en este momento estoy moviendo debe solucionarse si les comentas normalmente si utilizas un punto r que sería un archivo r el que hay que agrandar es el de pequeño de abajo a la derecha donde pone plots así es para que tengan idea de que dependen qué formato estés trabajando tienes que agrandar bueno en todo caso es agrandar dónde es este floteando la figura así es gracias Muy bien De nada Entonces vamos
(26:00) a seguir pasando un poco qué más podemos hacer con el paquete este Mariana Ahora sí estoy un poco perdido en el tiempo porque creo que terminaba a las 10 tú me dices no cuando ya sea mi equipo por favor te da más o menos un cuarto de hora para vamos a darte el tiempo extra que ha cogido Denis y terminamos un poquito más tarde vale las tareas cinco para mí que son las Perdón las 10 las 10 en Guatemala Ok perfecto Gracias
(26:29) qué más puedo hacer yo por aquí hace un momento mostré o comenté que yo digamos que de la señal que tenía originalmente le dije ya metros del fondo no quiero que me pongas nada por eso se ve blanco acá abajo eso estoy haciendo nas los datos eh los estoy modificando Y eso lo hice con la función que está por acá que se llama Mask echo grande Okay entonces también puedo blanquear una parte con referencia a la superficie Y eso es porque bueno en acústica los primeros metros depende de la frecuencia
(27:04) no pero los primeros metros tienen mucho ruido Pues un efecto que se produce ahí en la cara del transductor entonces por eso es que blanqueamos un poquito sus pedazos porque no no me interesa Y sobre todo si voy a hacer análisis no Entonces eso es a lo que se refiere por acá el recortar y blanquear No aquí por ejemplo lo que estoy mostrando es otra función que en lugar de blanquear elimina esa parte de la matriz
(27:29) No aquí solo para ilustrarlo le estoy diciendo quiero que la profundidad máxima en en ese nuevo ecograma voy a hacer una copia original sea hasta 200 metros ya más para abajo no me interesa nada de lo que haya no Y además como veíamos hace un momento tiene más o menos seiscientos veinte seiscientos veinticinco pins en total Yo solamente quiero ver del pin 100 al pin 500 por ejemplo Entonces le digo Aquí
(27:59) pin inicial 100 pin final quinientos y lo recorto no y eso me va a producir una imagen limitada a la parte que yo dije que me interesa pero ojo porque eso está modificando completamente el objeto y me está dejando solo una parte eh Como hice una copia No pasa nada este lo recorté solo para que ustedes lo vieran y me cobraba original sigue sin cambio otra cosa que nos interesa mucho en acústica es eliminar lo que se conoce como ruido de fondo aquí pues no podría yo entrar al al detalle técnico de esta
(28:32) parte solamente lo voy a ilustrar con las imágenes y les platico más o menos de qué se trata en el ruido este de fondo es un digamos que tiene que ver mucho con la frecuencia con las condiciones del medio usualmente para determinarlo el barco tiene que estar con el motor andando pero sin estar navegando y preferentemente la Eco Sonda recibiendo Ecos de manera pasiva es decir no está emitiendo pulso solamente leyendo el ruido ambiental
(29:05) idealmente se tiene que ajustar un modelo aquí pues como no tengo un ecograma con esas características para mostrarles exactamente a qué me refiero Pues créanme nada más no y yo ajustaría la función esta de no hice cobrando me permite ajustar un modelo a la a los valores de SB que me permitirían modelar el ruido presente en para ese instrumento en ese barco en esa zona en un determinado momento yo le daría los valores de el valor de Alfa que hace rato mostré y modelaría mi ruido no y este sería
(29:40) digamos el un ecograma con el ruido modelado aquí solamente es ilustrativo eh No no este no lo estoy haciendo como se debe y ese ruido es un patrón de bandeado que se ve así entre más profundo el el patrón Sería más fuerte supongamos que pues yo lo cambio aquí y le pongo a ver Vamos a ponerle 90 y vamos a volver a ver la imagen ven podría haber condiciones así eh que gran parte para una una frecuencia alta digamos un doscientos kilo hertz pudiera
(30:18) haber un patrón de ruido que después de cien metros ya gran parte de lo que usted ahí sea ruido no pero bueno ahorita para la demostración lo voy a dejar en ciento diez eso tiene que ver cómo se ajusta la curvita a los datos pero aquí pues no no es el caso porque por ejemplo este este chipote que ven aquí de este lado corresponde a mi a mi capa de energía acústica que se ve en el fondo El de acá evidentemente es el fondo y lo de acá arriba pues es el ruido en superficie
(30:49) así que bueno si eso se hiciera como se debe Yo podría en el ecograma mediante un una operación que estoy haciendo aquí en esto que dice ecogram le digo a mi programa original y el de ruido modelado quiero que hagas una resta en El dominio lineal es decir los datos los transforma porque Recuerden que son decibeles hace la resta y después lo vuelve a transformar a decibeles y vuelvo a generar mi ecograma y aquí no hay mucho
(31:23) efecto eh realmente tendría yo que cambiarle mucho a este valor vamos a tratar de de bajarlo a cien a ver a ver qué pasa a ver si se nota más ven cómo se va se va limpiando más Y eso Será independiente del del umbral que yo le ponga acá por ejemplo lo voy a poner Pues no sé 80s solamente es visualización tal vez cambia un poco la intensidad de los colores pero ya no se me va a llenar o a saturar la imagen eh cosa que sería diferente si yo le pongo
(31:58) el ecograma original no en lugar del que tiene al que le quita el ruido este se le cobraba original con todos los datos tal cual está No aquí sí tiene mucho que ver qué nivel umbral de visualización yo elija no pero una vez que le pongo el ecograma en el que ya quite ruido Pues eso ya no pasa no eso evidentemente para una estimación de biomasa tiene mucha mucha importancia bien vamos a seguir por acá hay otra otra cosa que sirven análisis
(32:32) acústicos eso del Warning de nas producen no no se preocupen No pasa nada es [Música] sumar frecuencias y ver las diferencias o digamos Cómo se destacan algunos tipos de Ecos que tienen que ver con las propiedades acústicas de los organismos en particular le cobraba que venimos viendo son o están asociados a un Lance donde capturamos merluza no merluza del Pacífico y y tratamos nosotros de de buscar una forma de de cómo destacar esa mancha sin que lo demás afecte no
(33:12) Entonces para eso pues voy a aplicar una una nueva máscara en la que ahora sí quiero quitar el fondo completamente de hecho voy a quitarlo 30 centímetros por arriba del fondo hacia abajo para mis dos frecuencias es lo primero que hago aquí no los gráfico Pero bueno eso se vería el ecograma sin el fondo no y luego voy a sumarlas no con la misma función que usted ahorita para quitar el ruido voy a decirle que sume mi frecuencia uno que es treinta y ocho con
(33:42) la dos ahora el operator es Plus porque es una suma y esta Va a ser una suma en El dominio de Cibeles O sea no va a ser transformación y pues aquí tendrían ustedes el resultado de esa suma aquí lo que importa es que los secos que yo estoy haciendo que destaquen son los de mi mancha que está aquí cerca del fondo Y esa es la parte que quiero filtrar quiero todo lo demás quitarlo y solamente quedarme con eso Entonces yo aquí ya sé no no puedo entrar en en los
(34:13) detalles técnicos que más o menos un valor en la suma de estas dos frecuencias de menos 120 kilo hertz me va a destacar esta capa entonces crear una máscara verdad en la que solamente quedan los secos que son superiores a esa parte voy a hacer una copia del objeto aplico la máscara multiplicando la matriz de valores de SB por por la máscara y los que quedan ahí como iguales a hacer los hago eneas porque si no va a quedar ahí algo raro y hago mi ecograma no Y fíjense como ya se
(34:49) pare esencialmente toda la energía de esa capa que es la que me interesaba a mí aquí Bueno tendría que ser algo adicional porque me queda algo por acá arriba que pues ya no es no es tampoco lo que me interesa verdad Pero bueno pasa el filtro y se queda pero todo lo que yo tenía por acá dentro pues ya se fue noten el valor del umbral eh Aunque yo lo baje más A menos ochenta no va a haber cambio no porque ya lo
(35:17) quité esa parte la eliminé de la icna al aplicar mi filtro 70 pues bueno ya lo lo que tengo aquí abajo no voy a entrar ya lo dejo ahí por si hay el interés esto posiblemente pues ya lo veamos más bien en el desarrollo del del proyecto tres que tiene que ver con la estructura de los datos crudos importados les decía porque en el archivo el archivo raw se lee enterito No ese es uno de los problemas principales que tenemos porque es re trabaja todo en la memoria de la
(36:00) computadora si ustedes cargan archivos muy grandes muchos archivos muy grandes pues tienen problemas no lo que estoy mostrando ahorita sí debe para para un pedazo de programa muy pequeño pero si yo quiero analizar toda una campaña pues puedo meterme en en problemas les decía eso pues ya queda ahí como apéndice por si lo quieren ver lo que quisiera comentar ahora simplemente es un poquito del formato que estoy usando de estos archivos
(36:28) qmd pues para que lo vean no porque aquí se conjuntan algunas cosas que también se relacionan con lo que ayer se se platicaba de ciencia abierta y todo eso el manejo de bibliografía no sé si por acá no tardan en algún punto en el texto que está esta cosa aquí entre corchetes que pues se ve raro no que dice arroba aisses dos mil cinco a esa es una cita no y bueno cómo se cómo se genera esa cita voy a hacer un cambio aquí donde dice formate en el documento en lugar de
(36:59) gfm le voy a poner html y voy a presionar el botoncito que dice render este que está acá esta flechita azul acá arriba voy a presionar render entonces este render lo que va a hacer es que va a ejecutar todo el código r va a generar las figuras las va a guardar en una carpeta va a ser un documento intermedio y va a meter por ahí esas figuras No yo podría incluso generar un PDF haciendo aquí poniéndole lugar de htm le pongo PDF y bueno otros cambios que no no voy a explicar ahorita vamos a esperar a que
(37:38) termine de correr y me debe generar este documento que ustedes Ven por acá no ahí si todo está bien en su máquina también debería de funcionar y ven ahora mi cita cómo está por acá ya está como que más en un formato claro este todas mis figuras deben estar aquí está mi otra cita verdad Todo todo lo que acabamos de ver va a estar aquí con las figuras las ecuaciones ya en bonito este todo todo todo todo todo todo y al final
(38:13) mis referencias no las que yo capturé eso lo genera ahí automáticamente y todo eso es gracias a que también por ahí en la carpeta de datos viene un archivo que se llama biblio punto VIP que es el que comentaba María que ya usa en en japs para UPS no Esto no es binario es texto debería poderlo abrir Bueno es un archivo aski que contiene la información para las citas bibliográficas no entonces gracias a esto que está incorporado ya directamente en el formato qmd ustedes
(38:52) pueden generar en un en un documento de este tipo su bibliografía también No pues bien Yo sé que me quedan ahí todavía cinco minutos pero pues hasta ahí hasta ahí luego Ah bueno un segundito nada más algo que tenía también que les quise haber mostrado ayer pero ya no se me pasó pues es que podemos generar gráficas interactivas en el r Esto está hecho con un paquete que se llama plotly que también hay la versión para python y para otros lenguajes en particular pues esto
(39:26) también es de datos acústicos aquí es una una montaña submarina que a partir de del ecosonda generamos la la batimetría y al final digamos ya el producto del análisis pues son las bolitas este las esferitas azules que representarían mi biomasa de peces en en la zona no ya para eso no les mostré código pero pues existe la la posibilidad de analizar y analizar y generar gráficos interactivos de este tipo desde el r Bueno lo lo dejo por ahí
(39:59) María Este ya sería todo de mi parte Ok muchas muchas gracias Héctor creo que hemos respondido a todas las preguntas de Héctor pero si hay alguna nueva podéis escribirlas por el chat tenemos unos minutitos vale parece que ha quedado bastante claro Así que si quieres lo único Héctor si lo tienes abierto todavía puedes mostrarles de nuevo Cómo cerrar r porque a continuación vamos a pasar a python y así ya lo pueden ver en pantalla bueno recuerden entonces que para
(40:43) salirnos de la sesión este pues bueno hay que cambiar acá un poquito y ya puso el enlace Emilio me parece por ahí pero si no pues es la misma dirección nada más que es hoop y después home esto los va a traer para acá van a decir stop my server y después de que ya se quitó ese Botón presionar aquí del lado derecho superior log outs y listo muy bien nos pregunta Rubén también si en la librería ecogram se puede integrar no por el momento o sea yo estoy
(41:22) trabajando en una función para hacerlo porque vamos no hay no hay gran chiste digamos es un cálculo no el principio de todo eso que estamos trabajando con matrices de datos Entonces no hay gran problema en que una matriz Pues yo la aplique lo que necesito hacer para tener un valor de de tu integración el problema principal es que la psicointegración es usualmente necesitamos dividirlo en fragmentos ya sea en distancia y aparte cada una en
(41:53) profundidad Entonces es como que pensar en su dividir una matriz enorme en esos fragmentos y tener un valor de con integración para cada uno de ellos Esa es la parte que no no me he puesto a trabajar todavía no pero pues no sé a lo mejor de aquí sale algún colaborador que se interesen en hacerlo no muy bien perfecto pues muchas gracias Héctor vamos a aprovechar como ayer a hacer ahora un pequeñito parón tengo
(42:21) ahora menos dos minutos las 10 de Guatemala si os parece hasta hay cinco hay cinco retomamos los siguientes tutoriales muy bien Hasta ahora todos