Obtención de datos 2022

(00:06) 2 ya hola emilio y todos mi nombre es enrique montes yo soy investigador del atlántico inaugurarse metrology con laboratorio del grupo de oceanografía química y ecosistemas y bueno voy a hacer una demostración de un tutorial que tenemos para transformar para extraer datos registros biológicos del bayern y ver si el information system pero de polígonos ya predeterminados de manera que siempre siempre cuando tengas un 6 o tengas un polígono de interés el que es extraer
(00:42) datos biológicos usas este código para obtener estos registros de taxonomía es el el repositorio de datos biológicos marinos más importantes digamos que existe a nivel global esta funciona bajo la comisión jose o gráfica internacional de la unesco y una base de datos taxonómica de vida marina abierta para todo el mundo que contiene millones de registros el conector partes del planeta no entonces es muy útil poder tener acceso a estas a esta base
(01:25) de datos y hacerlo de una manera dinámica y flexible que permita extraer estos registros para arias predeterminadas de un lugares donde los usuarios estén haciendo estudios etcétera no si quieren saber si hay ciertas especies están presentes presentes en sus varias estudios esto es una manera de hacerlo para el propósito de este ejercicio yo voy a utilizar unas geometrías que se llaman art mar índico systems que son una clasificación global de diageo gráfica de grandes regiones a
(02:01) nivel global para fines de demostración para hacer realidad ese pensar cualquier otro tipo de geometrías pueden ser por ejemplo marín marín y corrigen software tiene otra clasificación en realidad cualquier por save file geometría que ustedes deseen utilizar pero antes de avanzar quiero destacar que este este código que les voy a demostrar está disponible en la página web del proyecto marimba driver si de
(02:32) ser observation & pop por todos los dias américas que es una red de monitoreo de biodiversidad marina a nivel continental en las américas lo pueden ver este mapa donde tenemos colegas de toda la región recogiendo datos biológicos y compartirlos a través de ovi es también de baile diversión información se está el código está a quien me métodos en la pantalla en el botón de de ir a science y aquí van encontrar varios tutoriales y el que voy a demostrar hoy es este que está acá abajo que se llama
(03:07) obras extras jones entonces se hacen clic aquí en este voto que dice expert nos lleva a un armand aunque ticket contiene instrucciones de cómo correr el pico del escueta paso a paso no pero para propósitos de esta demostración lo voy a hacer desde mí código y desde mi estudio de mi máquina local se puede documentar aquí que para los que ver en este vídeo estamos teniendo problemas ahorita con un par de librerías entonces esperamos resolverlas para ojalá hoy y si no para
(03:53) mañana definitivamente ok hay alguna cosa que se me ha quedado por ser emilio algo que debe recordar pero claro de lo que yo acabo de decir si cuando me refiero a tener el problema es cómo superar nuestro si por alguna razón hay un par de librerías que no están cargando en el libro pero eso lo vamos a resolver rápidamente en cualquier caso si ustedes usan su estudio en su máquina local y simplemente hacen copy and paste o copian estos
(04:29) estos pedazos de código de los pegan eso en su consola de estudio debería funcionar perfectamente no siempre y cuando tengan los paquetes ya instalados en sus máquinas para correr estas librerías pero bueno el primer paso por supuesto como en cualquier otro código de heres correr las las librerías cargar las librerías para que puedan ejecutarse funciones que son necesarias para hacer estos cómputos no entonces para en éste aventis simplemente le hacen clic a este globo
(05:05) el aprendiz se llama lm extraction y una de las cosas que pueden hacer es simplemente descargarlo de mi cuenta de guerra o exit brasil simplemente a 5 pp esther de él en el documento anterior pero bueno cargamos las librerías y hacemos clic aquí cuando presionas barras verdes del lado izquierdo quiere decir que todas estas librerías ya fueron encargadas en la segunda enrique una pregunta te está bien si es como sé que no va a tener tiempo si copió todo esto en nuestro reposo en
(05:45) donde tenemos todos los tutoriales porque el clave can ismo en que todos pueden subir todas las tutoriales del tiempo que declaró entonces emilio creo que también te puedo enviar el link donde están todos estos documentos guardados y simplemente los colores lo más fácil gracias ok pero en cualquier caso en este segunda etapa lo que vamos a hacer es cargar una serie de funciones que permiten manejar los datos de la geometría
(06:24) y para luego hacer para probó ly graficar la en un mapa etcétera y se pueden ver cuáles son las que estamos utilizando simplemente en realidad no hay mucho no hay nada que cambiar en este pedazo del código pero simplemente estoy acomodando las tablas y las listas de latitud y longitud para que se puedan luego graficar simplemente hacemos otra vez aquí las explica en este botón de play y van a ver que la barra verde se activa que quiere decir que correr todas
(06:54) las todas las funciones ahora aquí vamos a por ejemplo seleccionar el large martinico system que ustedes quieren ver y aquí está la lista completa cada una de estas geometrías viene con un 1 con un índice de referencia que son estos valores acá en realidad que no tienen que cambiar nada sino simplemente a prendernos apagarlos pero aquí tengo toda una lista y hay otras la última mini consisten que ustedes
(07:27) podrían añadir y lo pueden ver en las tablas pero por ejemplo que tienen la del brazo sur de brasil la del este de brasil el norte de brasil lars marín y consisten de patagonia de la corriente de humboldt del caribe etcétera no preguntita las que tenés a ellas son las de las américas todas las telas son todo estas son todas las de las américas ya estás acá pero hay otras que ustedes pueden añadir si fue si estuviesen interesados en otras partes del mundo
(07:57) y esto toma más o menos unos segundos porque es una base de datos grande y correo y estos mensajes lo pueden ignorar si quieren los cierran no son unos son muy útiles por aquí te dicen que por ejemplo no se descargaron 66 no me acuerdo este mensaje no tiene mucho valor y en esta sección se van a generar los gráficos para que ustedes puedan ver las geometrías que están cargando en este caso vamos a cargar creo que la del caribe y la del golfo de méjico me parece
(08:44) y esto va a tomar un ratico exacto aquí están va a generar un mapa en el que se destaca dos sistemas uno para el caribe y el otro en el golfo de méxico y esta colorida aquí los colores de estos de estas líneas los pueden modificar aquí en esta función aquí usamos el color coral coral para la del golfo de méxico ya que estamos usando de este otro color para la del caribe pero estos estos colores lo podéis modificar o lo que quieras tanto antes de ver aquí cuáles aquí cargan books
(09:28) los límites para en crear este este mapa entonces este mapa va desde la longitud menos 25 al menos 150 y la latitud de la menos 60 a la 60 no y tratando de ver cómo es que seleccionamos aquí para escoger la aquí p es esta que está que corresponde el caribe no pero si ustedes quisieran ver otro sistema simplemente seleccionan de esta lista y lo colocan acá para poder ver si tenemos bien el aire sexy el de gràcia eight que corresponden
(10:24) a él cuál fue méxico y al caribe pero pueden ir añadiendo otras poquito seleccionando simplemente están siendo la sustitución en esta parte del código aquí que está acá entonces aquí por lo menos tan viendo de dónde van a seguir los datos de hoy dónde van a venir estas extracciones ahora vamos a hacer las extracciones por grupos funcionales taxonómicos y en este caso estamos haciendo lo para esta área que corresponde a
(11:08) golfo y méxico solamente para el golfo de méxico y este es el índice el código para este large marín y consistente vamos a utilizar solamente los registros de hoy es que tenga una profundidad máxima de 100 metros pero vamos a hacer una pregunta aquí es el código de 4.005 hijo de 40 mil 5 es el código interno de las regiones las turbinas estén exacto que ese es el jefe el identificador para cada una de esas dentro del sistema de ovnis dentro de no dentro dentro del sistema de hoy correcto que hoy ya tiene
(11:45) predeterminada precargadas estas seis no sé bien y la lista que están disponibles se meten en la página web de office pueden ser se puede decir que rápidamente pueden seleccionar por lars morínico systems active un emmy lo puedes ver ahí en 1006 perfecto no lo había visto y nunca le había puesto atención si y selecta alegría por ejemplo busca el golfo de méxico los dos méxico y fíjense que este número está acá coincide con este código ya que
(12:48) básicamente va a ser la extracción de los datos del golfo de méxico gracias aunque entonces bueno aquí se indica ese código si quieren un larsson lumínicos es indiferente con ir a la página web y con lo lo consultan en la lista y los sustituyen que aquí pueden ver para determinar la profundidad máxima a la que se de la cual se van a extraer estos estos registros y luego están los códigos para los grupos funcionales en este caso de su
(13:18) molusco es el código 51 o equinodermos que son 1806 o anélidos que son 88 2 planta de que número 3 y esos códigos también están disponibles acá en en la página web de hoy si se buscan por taxi busca una equina molusco aparece que el código que en el url por ejemplo puede ser la libra entonces lo coloca en la cara entonces estos códigos simplemente van a ser las extracciones de los registros de hoy esto va a tomar un ratico porque son bastantes y luego va a generar un
(14:05) gráfico para demostrar la distribución relativa del número de registros por grupos taxonómicos en este caso estamos sacando 4 grupos taxonómicos penta de moluscos equinodermos y anélidos ok entonces fíjense esto cada uno de estos códigos corresponde a cada una de las extracciones de esos grupos de equinodermos y luego acá las extracciones hacer la distribución es ahora arreglos de los velos de los datos para hacer estos gráficos y ya les voy a mostrar pero simplemente
(14:46) le dan un botón al play verde de acá y esto va a tomar tomar más o menos unos 2 o 3 minutos mientras se hacen las instrucciones porque básicamente lo que está haciendo el código es haciendo los títeres a vis directamente al día de hoy se hacen las extracciones y generan las tablas que las vamos a ver acá y aquí te va diciendo el número de registros y la cuánto amado por 44 % pero en el caso de moluscos estamos hablando de 90210 registros biológicos
(15:40) para el golfo de méxico bastante mientras hace es este a otra pregunta entonces el aviso el pro pues que le estás haciendo la petición a los parámetros no es una no le puedes pasar un polígono arbitrario sino que básicamente le está pasando el código de regiones predeterminadas que es extraño ese tema ya sí pero hay otros tenemos otros códigos para hacer estas extracciones por extracciones hay una manera de tu incluir la geometría dentro del paquete de edf yaya
(16:19) y ese recurso administra disponible en la página web de dell en un punto pero entonces es básicamente define la geometría como como un vector que va dentro de la función d del aro ves ya y hacen extracción para desarrollar en particular es muy sencillo pero en este caso estamos utilizando ya como te mencioné las geometrías que ya están pre cargadas en móvil y como vi son de las regiones marinas más comunes
(16:55) actualmente y son regiones muy bastante grandes son unos 2.000 dominios geográficos gigantes con usted pero bueno cada una de éstas de estas cuevas genera estas tablas con toda la información de oveja que viene en el país esta extracción el año es el el nombre científico de cada uno de los registros de la ciaic es simplemente un código asociado a esta taxonomía la latitud y la longitud el tipo de observación que se hizo en este caso es un numero observation o
(17:35) porque hay otros tipos de observaciones y así sucesivamente y la localidad donde se hizo la extracción y bueno uno pueden revisar esta tabla con cuidado y otra información en el que uno puede estar interesado y ahora está haciendo la extracción de plantas que son 16 mil récords o registro mientras esperamos también digo que los compañeros de perú se han unido del imarpe entre manos para dar la bienvenida y también hacer de que no hablamos de eso al
(18:22) principio enrique porque no había nadie si no sé si queremos puede llegarte interrumpido para hacer pregunta para eso porque eso está bien si es bueno hub tiene preguntas qué y pueden interrumpir en cualquier momento hola eduardo gracias por participar mi nombre es enrique montes y yo soy investigador de un laboratorio de la nueva aquí en miami que se llama el atlántico es un abordaje que el metro del valle con laboratorio y ahí yo trabajo con el departamento de consagrar
(18:52) oceanografía química y de ecosistema si quieren le hacen a su micrófono si se presentan y entonces bueno después que corre este código se generan tres gráficos uno de ellos es una serie de tiempo que muestra el número de las cuentas o el número de registros que se extrajeron para un año en particular dentro de esta región y este que estamos viendo los registros de más o menos dos mil novecientos sesenta
(19:30) hasta el presente y cada uno de estos colores corresponde al número de registros de estos grupos es decir estas filas los grupos taxonómicos por ejemplo los negros rojos son en el yodo los amarillos claros son equinodermos los verdes oscuros son moluscos etcétera y estos son dos grupos de plantas entonces que nos vamos viendo ese gráfico ayuda a entender por ejemplo en qué año hubo por tal vez 11 nuestros intensos y hubo
(20:01) grandes contribuciones de registro que es taxonómicos a hoy y para esta región entonces hemos visto que por ejemplo aquí los 70 hubo un gran volumen de datos que se recogieron y que fueron compartidos en ovi en algún momento y en esta etapa bueno hubo otro momento pero en general varía de año a año la cantidad de datos este gráfico sirve para ver eso y este otro gráfico es simplemente un país arte un gráfico de torta que va más o menos
(20:31) representar la contribución fraccional de estos grupos taxonómicos todo el registro de datos que hay para que vemos bueno te dirá que algo así como el 90% de los registros corresponden a mosconi la otra mitad anélidos y después hay algo de datos de que no es muy de plantas pero bueno lo importante es que quedan estas tablas por ejemplo la energía estas tablas estas tablas que son los datos de ovi que la gente quiere utilizar o que quiere tener acceso y
(21:13) luego manipularlo e molucas plantas a 100 metros y de aquí pueden ser otro tipo de análisis pero bueno es con este código es simplemente una idea del tipo de extracciones que se pueden hacer en geometrías ya predeterminadas dentro de hoy más o menos como cuál es la forma en que estos datos de hubiese -datos tabulares se presentan no para para análisis y creo que con esto estamos listos y bueno perfecto entonces timing porque hay una pregunta lo puedes leer en chat
(21:58) directamente debe ser pobre el sector si siempre difícil cuando se presentaron en contra de mí aquí están pues vamos a hacer un ejemplo con la corriente de humboldt el combo coherente corresponde vamos a borrar quito aquí en este símbolo de escoba van a limpiar lo que llaman el estado de invariablemente que es donde se guardan todas sus variables en sus datos y cuando se le dan a la escoba borran todo es cómo hacer un set de
(22:38) estudio no y podemos ir cerrar estos gráficos para que hacer uno nuevo en este caso creo que no hay que cargar las librerías y esas están cargadas habrá que correr este código y él el código para la corriente de humboldt hay que buscarlo en móvil un momento convocar int [Música] seleccionen aquí en este menú larsson abanico systems y aquí seleccionó en el en este caso más seleccionado guaraní destaca el código es este que aparece en el url al final sería de 40 mil 13 nos copiamos
(23:46) para acá y este corresponde a esta variable que llamamos dar el 5 y me van a disculpar que estoy usando una unos nombres de variables bastante incómodos porque no son intuitivos pero bueno para para graficarlo simplemente seleccionan el que tenían aquí lo pone aquí abajo [Música] y pueden apagar este otro para que no aparezca y corre en este código aquí aquí algo hice algo mal que puede porque ser claro no no he corrido de
(24:50) estos códigos de corriente la corriente e ignoramos este mensaje ahora si corremos esto y aquí tengo que hacer otra cosa hay hacer [Música] vamos a hacer una cosa más repetirlo aquí para qué porque si no tengo que borrar habrá que quitar este más que está acá vamos a hacer esto vamos a borrar todo esto y así debería funcionar solamente va a graficar el de la corriente de humboldt que queremos ver
(26:10) y aparece que es una marcha mar índico existen enormes casas cubre toda la costa oeste de sudamérica invade el sur de colombia hasta la patagonia chilena y el número que habíamos sacado antes de aquí en la página web de ovejas cuarenta mil trece el que vamos a sustituir aquí en esta parte del código y vamos a decir que queremos obtener datos que sean de los primeros 50 metros de una capa más somera optimizar el tiempo
(26:56) y esto va a tomar tal vez un minuto o un poquito más realmente menos a mirar tu correo súper rápido tan perfecto mira el correo y para los primeros 50 metros en ese sistema lo que es interesante es de la década de los 60 hasta la primera década de los años 2000 las contribuciones hobbies de esta región han venido creciendo y sobre todo involucró una región muy rica hemos los coches en ese sentido y luego las
(27:34) contribuciones de origen declinaron una carta a la gente están empezaron a subir hace poco pero bueno esto es un recuerdo de lo importante que es brevemente que es que por ejemplo como el imarpe que tienen unas bases de datos de organismos muy importantes para la región podrían hacer contribuciones para que estos datos tipos disponibles para todos y aquí muestra la distribución de estos distintos grupos taxonómicos el
(28:02) pulso personamos los codón dominan digamos que hace que el 75% de todos los registros también estás para añadirle info punto o bis sólo es tan bueno como las contribuciones que se hace en el sistema exactamente así efectivamente las large marini consisten sus regiones muy grandes y que se pueden usar para hacer grandes estudios biográficos de posibles y a nivel global donde se cree ver más o menos cuáles son como están como patrón y cosas también está distintas partes
(28:41) del mundo como cómo son esas comunidades y que la y que digamos controlan es que condiciones medioambientales controlan esas comunidades pero hay otras geometrías que son más pequeñas que son una de ellas en la martinica origins of the world que permite que son más pequeñitas tienen mejor resolución espacial para este tipo también después todavía son bastante grandes pero es una de las que está en el sistema
(29:11) yo les he dicho a ellos que las incluyen pero hoy no hay incorporado los llamados el picor y james of the world’ tienen otras geometrías como las zonas exclusivas económicas exclusivas tiene las ibeas visión nations de acciones que son aguas que no son territoriales sino son aguas internacionales están clasificadas de distintas maneras este sónico logic clic en baila hip hop y significa aéreas son geometrías de blues zonas de aguas y aguas internacionales que se han
(29:55) considerado se han catalogado como de mucha importancia biológica y de desde el punto de vista de ecosistemas esta otra geometría no recuerdo qué pero terminada por país entonces si uno va a un país digamos en argentina pueden usar este número para hacer las extracciones de nombres pero eso el s es el país de donde me imagino bueno es una pregunta realidad de dónde viene el grupo la persona que contribuyó a lo tanto no necesariamente el país donde
(30:27) está localizado en exactamente sé cómo puede recibir de ejemplo de argentina claros pero si ven por ejemplo en las zonas económicas exclusivas en buscar argentina y si te va a dar solo los registros geológicos que corresponden a las aguas territoriales argentinas y también pueden usar esas áreas para correr estos códigos y hacer esas extracciones específicamente edward y jan yo también tengo otros códigos para hacer este tipo de expresiones para geométricas que ustedes definan que son independientes de las
(31:10) que están catalogadas en dentro de o beni tengo mucha pregunta en cualquier caso si ustedes quisieran hacer si quisieran clonar el el repositorio directamente de mí bueno lo vamos a tener en el repositorio de los jarawa pero también tengo director repositorio personal que está aquí exacto se lo voy a mandar por el charter gracias simplemente aquí simplemente le dan a este botón verde que dice code y le dan
(31:56) clic a ésta ventanita y luego aparece copy y entonces cuando va a quedar estudio digamos si cerramos este los project son seis y cree en un proyecto nuevo new project si ya tienen instalado en su computadora pueden ir aquí a la opción de inmersión control para seleccionar jet y pegan ese url clarika acaban de copiar de mi repositorio o del repositorio de wiki crea y crea y que crear el proyecto seguramente tienen que hacer tienen que
(32:44) buscar en donde quieren guardar ese directorio en su máquina local y ya van a tener entonces todos los archivos lo harán de esto está todo ya predeterminado para que puedan correr estos códigos cuando ustedes crean el proyecto van a aparecer todas estas estas carpetas donde los datos aquí tienen por ejemplo los safe house que se utilizaron para correr el código e los gráficos que se generan de del código por ejemplo tumba pitas
(33:41) y que más a los autores etcétera pero en realidad lo único que necesitan es este este grande qué que crece a marc down necesiten solamente este archivo helmi extraction que el que está actualmente en noche las acuesta en principio deberían poder simplemente copiar y pegar este esto aunque esté escrito en su estudio y correr el programa el programa siempre y cuando tengan los paquetes instalados y no más coros y dijimos esto desde que
(34:21) llegaron ustedes pero hay problemas con donde los paquetes en nuestro super show y esperamos tratar de resolverlo si no hoy mañana a más tardar porque son paquetes importantes y esto lo voy a incluir en el repositorio de los tutoriales de los janjaweed hoy espero hacerlo antes de que comience nuestra sesión en 3 estará disponible el ok y hay una pregunta a la estimación de los seis que están los códigos disponibles nosotros cree cree generamos
(34:59) un ejemplo con 6 cakes que está en la página web del proyecto les voy a copiar aquí el link para que los puedan consultar cuando necesiten pero que hay varios tutoriales para hacer cosas distintas no está por ejemplo en general el the last words de sitio donde están haciendo monitoreos monitores monitores y entradas de diversidad marina y el que me pregunto creo yo que es que tú estás preguntando es este que es este paquete que generamos más scape art
(35:34) a ver si es que hay pero que permita permite hacer extracciones de skate si los seis que son en una fácil clasificación categórica d vio regiones marinas dinámicas en espacio y tiempo que utilizan siete campos diferentes de datos satelitales cosa por ejemplo color del océano temperatura salinidad también autos de modelo de circulación usando un algoritmo de matching learning clasifica zonas biogeográficas marinas de manera dinámica y la gente está
(36:16) utilizando esto para entender cómo la biografía de su región de todos cambia en el tiempo y el espacio nosotros generamos este paquete de reservas y skype a skype para hacer todo tengo un problema no sé por qué se me rompieron los cálculos rl de la página web y eso tiene que ver con el lanzamiento de una nueva página pero bueno qué raro de cualquier modo ahí está el enlace del
(37:23) repositorio a ramsey si no hay más preguntas siempre podemos cumplir bueno emilio eduardo muchas gracias por esta invitación y espero que la próxima vez sea un en talleres presenciales que nos podemos ver en persona muchísimas gracias entre que por tomarte tiempo para hacer esta presentación cuando tengamos un material echada incluyendo en la grabación en youtube la vamos a tener hoy y todos los materiales centígrados ok bueno hay mucha suerte en ello y dime
(38:24) si puedo contribuir a participar con alguna otra cosa para el oriana week chao